Seit den letzten Ereignissen sind viele Jahre vergangen, dennoch ist die Menschheit weiterhin im Krieg mit den Festum. Auch das »Mir« Altair ist immer noch auf dem Weg in Richtung Erde. In dieser schwierigen Zeit werden Soushi und einige Kinder entführt. Sofort wird eine Rettungsmission gestartet, doch sie können nicht verhindern, dass eine Rakete mit Soushi startet. Bei ihm ist auch Maris, ein Esperanto – Menschen, die mit den »Mir« kommunizieren können –, der von der neuen Insel Wadatsumi stammt, nachdem die alte Insel Tatsumiya im Meer versunken ist. Wie sich schnell herausstellt, hat ein gefährlicher Junge die Fäden in der Hand, der während der Flucht der Gruppe von General Narain immer wieder als Geist Prometheus aufgetaucht ist und seltsame Fragen gestellt hat. Er nennt sich nun Marespero, was so viel wie »Verzweiflung« bedeutet und was er der Menschheit als letztes Vermächtnis hinterlassen will. Doch wozu braucht er dafür Soushi? Und warum hat Maris »Alvis« und die Fafner-Piloten hintergangen?